Em sua trajetória e com outras denominações teve importante papel na esfera militar. Lutou na guerra pela Tríplice Aliança contra o Paraguai – de onde lhe vem o nome Batalhão Laguna.
Em 1941, em sua primeira e única visita a Cuiabá, o presidente Getúlio Vargas inaugurou a sede atual desse batalhão.
Em 1964, o então comandante do 16º Batalhão de Caçadores, que mais tarde seria o 44º BIMtz, coronel Meira Mattos, à frente de seus comandados, ocupou o Palácio Alvorada, sede do governo, em Brasília, ato derradeiro do movimento cívico-militar que assumiu o poder com a vacância do cargo de presidente, uma vez que Jango Goulart fugiu para o Paraguai.
Com a instalação da 13º Brigada de Infantaria Motorizada em Cuiabá, em 1978, o 44º BIMtz ganhou a denominação atual e passou a integra-la. Seus efetivos participaram da Missão de Paz da ONU no Haiti.
O comandante do 44º BIMtz é o coronel de Infantaria Nilberti Viana Gramosa.
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